U.C.0105, doce años después de la Rebelión de Char——.

　La organización "Mafty" ha iniciado su resistencia contra la opresión del Gobierno de la Federación Terrestre mediante el asesinato de altos funcionarios. La verdadera identidad de su líder no es otro que Hathaway Noa, el hijo de Bright, quien luchó junto a Amuro Ray en la Guerra de un Año.

Hathaway, atormentado por traumas del pasado, se encuentra con Gigi Andalucia, una joven con poderes misteriosos que despiertan recuerdos dolorosos. Aunque confundido por sus palabras, continúa con los preparativos para el ataque a la Conferencia de Adelaida.

Mientras tanto, Kenneth Sleg, de las fuerzas federales, prepara una operación de defensa y eliminación de Mafty, cuando recibe una propuesta secreta de Handley Yoxon de la Organización de Policía Criminal.

Mientras Hathaway y Kenneth avanzan hacia sus respectivos objetivos, Gigi también parte hacia Hong Kong para cumplir su propio papel.

Doce años después de la Segunda Guerra de Neo Zeon (la Rebelión de Char).

　U.C.0105——. La corrupción del Gobierno de la Federación Terrestre acelera la contaminación del planeta y ha implantado la inhumana política de la "cacería humana" para deportar por la fuerza a civiles al espacio.

　Como respuesta, ha surgido el movimiento antigubernamental "Mafty", que ha iniciado su resistencia con el drástico método de asesinar a altos funcionarios del gobierno. Su líder es conocido como "Mafty Navue Erin", pero su verdadera identidad es la de "Hathaway", el hijo del coronel Bright Noa, veterano de la Guerra de un Año.

　Hathaway, heredero de los ideales y la voluntad de Amuro Ray y Char Aznable, intenta forjar su propio camino, pero un encuentro con el coronel de la Federación Kenneth Sleg y la enigmática joven Gigi Andalucia cambiará su destino para siempre.